「新世紀エヴァンゲリオン 鋼鉄のガールフレンド」のストーリーダイジェストです。ルートは、ゲームオリジナルキャラの霧島マナですが、選択肢をミスったのでベストエンドではありません（苦笑）。元記事に貼ってある動画はベストエンドでまとめているので、ベストエンドが見たい方は、元記事に飛んで動画の方を御覧ください。
月をぼんやりと眺めているシンジ。そこへ自衛隊のヘリが飛んできた。近くで戦闘が起きている。誰もいないと思って裸のままベランダへ飛び出すアスカ。尻丸出しです（PS版ではカットされているらしい）。
うっかり声をかけたシンジは
「Vielen Dank !」
との雄叫びとと共に蹴り飛ばされました。
翌日学校へ行くと転校生が来ていた。名前は「霧島マナ」。主人公の隣の席が都合よく空いていた。
やたらシンジにべったりなマナに、アスカは惜しげもなくジェラっている。屋上で、シンジはマナからペンダントをプレゼントされた。
パイロットの3人は学校を早退してネルフ本部へ行く。電車の中でシンジに突っかかるアスカだったが、シンジはウォークマンを聞いていてこれを無視。ブチ切れたアスカはウォークマンを踏み潰してしまった。サターンのゲームでソニーのロゴが感慨深い。製品がぶち壊されている絵だからいいのか。と、そこにマナがいきなり登場。付いてきてしまったようだ。IDカードを持っていない部外者は中に入れないと説得するが
「こうすれば入れるでしょ？」
と言ってシンジを後ろから抱くようにして密着。まんまと潜入に成功した。
シンジはロッカールームにマナをかくまってエヴァの実験へ。シンジだけシンクロ率が上がらず、アスカにマナのことを考えているのだろうと冷やかされる。そして、ジャンケンをしようと提案してきた。勝てば新製品のWウォークマンを買ってあげるというのでシンジは乗った。グーを出したらエヴァが壁に向かってパンチ。実験は中止となった。怒る律子と庇うミサトが喧嘩。
更に突然現れたゲンドウには、目障りだから出て行けとまで言われる始末。ロッカールームへ戻るとマナはいなかった。先に帰るという置手紙がおいてあったが、部外者がそんな簡単に外に出て行けるのだろうか？
帰宅後、アスカと2人で夕食。料理に文句を付けるアスカに、自分で作ればと言うシンジだったが、「作れるわけないじゃん」と他人事のアスカ。そんなんじゃお嫁に行けないと言うシンジに、アスカがバージンロードクイズを出す。アスカが結婚するのは誰かという問題で、加持、青葉、シンジの三択だった。自分と答えたらアットホーム賞としてWウォークマンがプレゼントされた。そして、マナのことはもう忘れろと言うアスカでした。
翌日、ネルフの自販機前で一息入れていたら加持さんが登場。シンジは加持さんから恋愛の手ほどきを受けていた。ただ、マナという名前を聞いた時の加持の反応からしてやはり何かありそうな予感。学校で家庭科の実習。シンジはマナと仲良く料理をしている。それをトウジに冷やかされ、さらにはアスカまで加わって大騒動に。マナは拗ねて実習室を飛び出した。
マナを捜していたら、テニスコートの裏で発見。やたらエヴァのことを聞きたがっているマナ。そこへケンスケとアスカがやって来る。エヴァのことをペラペラ喋っていることをケンスケに窘められた。アスカの方はやけに冷静だったが、帰宅するとみんなの前でマナがスパイであると演説を始めるのだった。それでもシンジはマナを信じていた。
翌日、マナと日曜日に芦ノ湖でデートすることを約束した。そこにネルフからの呼び出し。任務は湖（芦ノ湖？）で発見された謎の移動物体の調査だった。そこでシンジはマナの姿を目撃した。アスカの言っていたスパイ説が気にかかり、ミサトに相談するシンジ。ミサトは2人を応援してくれた。
用があるというミサトと別れ、街をブラついていたら、ハンバーガー屋で男と談笑しているマナを見かけてしまい落ち込むシンジ。
そこへ加持と律子が現れた。加持はシンジを励ましてデートの作戦を考えてくれた。帰宅して早速マナに連絡して浮かれているシンジだったが、アスカはむくれていて、ミサトはネルフから連絡が入ってあわただしく本部へと向かった。浮かれている場合じゃないような気もしたが、とりあえずデートの約束は守ろうと思うシンジだった。
日曜日、デートの支度をしていたシンジだったが、シンジが温泉に行くのを知ってはしゃぎ出す温泉ペンギンのペンペン。仕方なく連れて行くことになったが、マナもペンペンを気に入ってくれたようだ。温泉では何故かトウジとケンスケにばったり遭遇。その後温泉に2人でつかる。その温泉は混浴だった。
白糸の滝で謎の移動物体が操縦ミスで事故。その正体は新しい人型兵器であった。そのコックピットからは中学生くらいの男の子のパイロットが収容されたらしく、何故かネルフの中央病院ではなく、戦略自衛隊病院に搬送されていた。不審に思ったシンジとアスカは自衛隊病院へ向かった。
ICUで治療を受けている少年。アスカはエヴァを潰すために送られてきた敵だと言っていたが、それをマナが否定した。どうやらこのパイロットはマナの友人でお見舞いに来たらしい。アスカは、エヴァ潰しのためにシンジに色仕掛けで迫っていたと推理していたが、煮え切らない態度のシンジに怒って帰ってしまった。
ここにいるとまずいと、シンジはマナを連れて屋上へ逃げた。そこへ加持が現れたが、マナの素性が怪しいのを承知で2人を逃がしてくれた。
ネルフに呼び出されるミサトとシンジ。どうやらアスカがマナのことをチクったようだ。シンジはマナにもらったペンダントを調査のために取り上げられてしまった。その後、ファミレスで食事をしていたシンジのところにミサトが現れて、ペンダントを返してくれた。何も問題はなかったようだ。そして、マナを家に連れて来いと言ってくれた。
マナを招待しての夕食会が開かれたが、相変わらずアスカはマナに突っかかっている。そしてマナが
「私はシンジくんのこと愛してます」
と宣言すると、アスカは怒って部屋に閉じ篭ってしまった。
その後、マナは何日も学校を休んでいた。その間に例のロボットがアクションを起こす。しばらくしてマナが学校に姿を現した。何でも、入院していた少年パイロットがいなくなってしまったのだという。アスカと綾波も加わって、戦略自衛隊病院へと向かった。確かにあの病室はもぬけの殻となっていた。シンジの後ろから怪しい黒服の男。4人はトイレに逃げ込んだ。ミサトに連絡して脱出を図る。
激しい銃撃戦を交えたカーチェイスバトルの末、追ってきた黒塗りの車を振り切った。マナから語られる真相。アスカの推測通り、マナはシンジを監視するために送られてきたスパイだった。しかし、シンジへの愛は本物であり、今は裏切り者として追われているという。ムサシ、ケイタと共にパイロットとして養成されていたが、あまりの厳しさに脱走を試みるも失敗。いつかロボットで脱走しようと語っていたのだが、それを実行したのが今回の事件だったようだ。マナの処遇についてネルフに問い合わせるミサトだったが、一向に話しが進展しないので強行突破を図る。しかし、その前にゲンドウが立ち塞がり、マナは黒塗りの車で連れて行かれてしまった。
言い争う加持とミサト、そしてシンジとアスカ。
「好きなんだよ！」
ベッチっ（ビンタ）
「馬鹿……」
ゲンドウと話しをするために作戦司令室に行くシンジだったが、ゲンドウを前にして何も言い出せない。シンジは加持に相談した。自分を無力だと言うシンジに、エヴァのパイロットなのだからいざとなればエヴァを動かせる、そう加持はアドバイスしたのだった。
学校を休んでいるマナにプリントを渡すという名目でマナの家に向かうシンジ達一行。そこにマナはいなかったが、ケンスケ達が海岸でロボットの足跡を発見した。そこにはマナらしき足跡も残っていた。
そんな折、授業中に外を軍のトレーラーが通った。荷台の檻にはマナが乗っていた。どうやら、マナを餌にロボットを釣ろうという作戦のようだ。シンジ達はトレーラーに近付くも兵士がいてどうにもならない。そこでトウジとケンスケに狼煙を上げさせて軍の注意を引いて、その隙に檻に近付いた。と、そこへロボットが登場。更にはそこへミサトもやって来た。エヴァの出撃命令が出たのだ。
しかし、マナの入った檻を盾にしていたロボットに手が出せないシンジ。ゲンドウはシンジに退去命令を出した。代わりにアスカが突っ込んだ。シンジは命令を無視して間に割って入ったが、その隙にロボットが逃走を開始した。作戦が失敗すれば軍がNN爆弾を投下する手筈になっている。エヴァ3機はアンビリカルケーブルを切断して追いかけたが間に合わない。初号機は停止命令も聞かずに暴走。
シンジはエヴァから降りて、マナの元へ駆け寄った。そこにはロボットのパイロットであるムサシの姿もあった。
しかし、停止命令が間に合わずに爆撃機がNN爆弾を投下してしまった。
シンジはアスカに間一髪助けられ、弐号機のエントリープラグの中にいた。アスカはマナの代わりになってあげると言ってシンジを慰めた。トウジ達と徹夜でマナを捜すシンジだったが結局見つけられず。これからどうしようかと悩むシンジに選択が迫った。
アスカのことが気になる
→ マナのことが・・・
加持さんに相談してみようか・・・
これが最後の選択肢なのだが、これまでの行動は一切関係なく、この選択肢でエンディングが分岐します。
マナのことが・・・
森を捜してダメだったから今度は海だ！と海へ捜索に出かけることに。途中車掌の格好をしたネルフの人間に見つかるが振り切って逃げ出す。港に着いて漁師に、女の子の乗っていた救命カプセルが網に打ち上げられたことを聞いた。随分とあっさり見つかるものだ。漁師から聞いた病院でマナと再会するも、ムサシの方は残念なことになってしまったようだ。
マナを病院から連れ出したシンジはミサトに連絡。言われたとおりミサトの部屋に連れて行った。部屋には誰もいなかった。お風呂に入ったマナがバスタオル姿で登場。傷一つなくて良かったというシンジに
「確かめてみる？」 と言ってバスタオルオープン！
その後、加持の手配で霧島マナという存在は抹消され、マナはこの街を離れることになった。命は助かるが、もう二度とシンジと会うことはできない。電車でマナを見送るシンジ。
そしてエンディングへ……
ああそうか、こっち選ぶとあっさりな終わり方になるんだった。確か、加持さんに相談エンドの方だと爽やかに終わるんだよな。ま、いいや。セーブしてなかったし、おっぱい見れたし。
（おしまい）
